蛋白质交联剂是用于将生物分子共价结合或缀合在一起的化合物。在蛋白质组学中,“蛋白质交联”是指利用蛋白质交联剂将肽或蛋白质结合在一起或将蛋白质固定在固体支持物上。
蛋白质交联剂具有特定于蛋白质,肽或其他分子复合物上各种官能团(巯基,胺,碳水化合物等)的反应性部分。分离交联剂反应性基团的原子,最后是结合蛋白,形成“间隔臂”。 零长度交联剂是指在不添加其他间隔臂原子的情况下连接两个分子的蛋白质交联剂。同双功能交联剂在间隔臂的两端具有相同的反应性基团(即胺反应性-胺反应性);而异双功能交联剂在间隔臂的每一端具有不同的反应性基团(即巯基反应性-胺反应性)。